Después de convertirse en entrenador en jefe interino de Indiana en diciembre de 2016, Allen supervisó el progreso del programa.
247Sports informa que Tom Allen ha sido despedido como entrenador en jefe de fútbol en Indiana. La decisión de despedir a Allen sigue a la derrota del sábado por 35-31 ante su rival Purdue, que redujo el récord de los Hoosiers en 2023 a un sombrío 3-9. La tercera temporada perdedora consecutiva del programa con Allen llegó a su fin con la derrota.
En su carrera más reciente de tres temporadas, los Hoosiers tuvieron marca de 9-26, buena para el segundo peor lugar en el Power Five. Sin embargo, ha sido difícil despedir a Allen debido a un contrato a largo plazo que se firmó en 2020. Después de Gus Malzahn y Jimbo Fisher, Allen es la tercera compra más grande en la historia del fútbol universitario, con un pago de casi $20 millones. Allen habría recibido la mitad del precio de compra si Indiana hubiera esperado hasta el 1 de diciembre de 2024.
Tras la dimisión del exjefe Kevin Wilson en diciembre de 2016 tras una investigación sobre maltrato a jugadores, Allen asumió el papel de entrenador de los Hoosiers. Después de reclutar a Allen del sur de Florida en enero de 2016 para ocupar el puesto de coordinador defensivo, la escuela lo elevó al puesto permanente luego de uno de los cambios defensivos más notables del país, que él produjo.
El nativo de Indiana llevó a los Hoosiers a su primera temporada de ocho victorias en 25 años en 2019, una temporada que mostró signos tempranos de vitalidad bajo su liderazgo. Tuvo su mayor logro con el programa en la temporada 2020, que se vio truncada debido a la pandemia. Un récord de 6-2 y un viaje al Outback Bowl para enfrentar a Ole Miss fueron los resultados de una emocionante victoria en el primer juego sobre Penn State. El ex líder del equipo y mariscal de campo candidato a Heisman, Michael Penix Jr., dejó el programa y ahora juega para el No. 4 Washington en 2023.
Al principio de su empleo, Allen tenía un talento natural para formar equipos estelares de empleados. El equipo de 2019 fue dirigido por Kalen DeBoer, quien desde entonces ha compilado un récord de 35-11 como entrenador en jefe en la FBS en Fresno State y Washington. A pesar de tener solo 32 años, el coordinador defensivo Kane Wommack fue ascendido en 2019. Cuando ya no estaba empleado allí, asumió el cargo de entrenador en jefe de los Jaguars y los guió a su primera temporada de 10 victorias.
Cada uno de los equipos de Allen ha tenido problemas desde esa campaña de 2020. Las pésimas temporadas de 2021, 4-8 y 3-9 de los Hoosiers finalmente llevaron al cambio. Allen despidió a dos coordinadores ofensivos en un lapso de tres años después de no poder reavivar la brillantez del personal. Indiana terminó con un récord de 3-24 en juegos de conferencia.